Při pohledu na kariéru tohoto německého srdcaře musí každý fotbalový fanoušek smeknout klobouk. Müller odehrál za bavorský velkoklub celkem 756 zápasů, nastřílel 250 gólů a přidal 276 asistencí. Během svého působení získal 33 trofejí, včetně titulu mistra světa a dvou triumfů v Lize mistrů. V historických statistikách Bayernu drží Müller prvenství v počtu odehraných zápasů i asistencí, mezi střelci mu patří třetí příčka – hned za Robertem Lewandowskim a jmenovcem Gerdem Müllerem.
V posledních sezónách však postupně ztrácel místo v základní sestavě, a to spolu s jeho platem vedlo vedení Bayernu k rozhodnutí neprodloužit mu smlouvu.
Ve svém posledním zápase nastoupil Müller až v 80. minutě. V samotném závěru utkání se mohl stát znovu hrdinou fanoušků, když se zdálo, že po faulu Nuna Mendese vybojoval pro svůj tým penaltu. VAR ale sporný moment přezkoumal a rozhodl, že Mendes nejprve odehrál míč a jeho noha Müllerovu bradu těsně minula. Rozhodnutí tak potvrdilo postup Pařížanů – a tím i definitivní sbohem pro Thomase Müllera v dresu Bayernu.
"Normálně bych dnes jen zpracovával porážku. A pak bychom se vraceli do hotelu a soustředili se na další zápas. Ale teď se vracím jen proto, abych si sbalil věci a odešel. Budu potřebovat čas, abych to všechno plně vstřebal. Je to opravdu zvláštní pocit," řekl po zápase Müller, který se dosud nerozhodl, zda po konci v Bayernu ukončí i celou svou hráčskou kariéru.