V listopadu roku 2021 nahradil v Barceloně Ronalda Koemana a Xavi byl fanoušky označován jako někdo, kdo na Camp Nou vrátí pořádek. Klubová ikona začala svou nesnadnou misi více než slušně, z původního devátého místa v tabulce LaLigy nakonec s týmem dosáhla místa druhého. V Lize mistrů z toho bylo ale jen čtvrtfinále, kde byl nad síly jeho svěřenců německý Frankfurt.
Další sezona už byla o poznání lepší a Xavi se mohl s hráči a fanoušky radovat z triumfu v LaLize a španělském Superpoháru. V září roku 2023 prodloužil s katalánským klubem smlouvu, ale v zimě přišly komplikace. V lednu vypadla Barcelona v poháru Copa del Rey s Bilbaem, ve finále španělského Superpoháru padla s Realem Madrid a v LaLize následovala vysoká porážka s Villarrealem.
Xavi na tuto krizi reagoval vyjádřením, že na konci sezony odstoupí z pozice hlavního trenéra klubu. Jeho odchod byl nakonec o něco rychlejší, neboť už v květnu byl z funkce vyhozen a nahrazen německým stratégem Hansi Flickem.
"Nešlo tehdy o náhlý impulz, nebylo to ukvapené rozhodnutí. Řekl jsem mu, že potřebuji od trenéra více zkušeností, že si úplně nejsem jeho osobou jistý a on mi řekl, že tyto zkušenosti získal v Kataru. Nakonec jsem mu uvěřil, ale úplně to nevyšlo podle představ,“ nechal se slyšet prezident Katalánců Joan Laporta v rozhovoru pro Catalunya Radio.
"Pamatuju si, jak jsem se ho zeptal, jestli věří týmu. Řekl mi, že na sto procent. Byl jsem překvapený, protože celou sezonu si stěžoval na výkony některých. Dva týdny potom navíc prohlásil, že za další dva roky nebudeme konkurenceschopní, že chce v létě prodat deset hráčů,“ dodal Laporta.
