Ve 3. kole do MOL Cupu vstoupí zbylá šestice prvoligových celků, která měla v předchozím průběhu volno. Do soutěže zasáhnou účastníci evropských pohárů Slavia, Sparta, Plzeň, Hradec Králové a Jablonec a Sigma Olomouc coby vítěz nadstavbové skupiny o umístění z minulého ligového ročníku.
Z MOL Cupu zatím nevypadl ani jeden tým z nejvyšší soutěže, 2. kolo zvládlo všech deset prvoligových zástupců. Soutěž už ale opustil obhájce trofeje Karviná. Slezané, kteří na jaře ve finále porazili Jablonec, byli po sezoně kvůli účasti v korupční kauze přeřazeni do druhé ligy. Zároveň přišli o start v evropských pohárech.
Los MOL Cupu
Viktoria Žižkov – Sparta Praha
Varnsdorf – Slavia
Jihlava – Viktoria Plzeň
Králův Dvůr – Zbrojovka Brno
Kozlovice – Pardubice
Vlašim – Liberec
Dukla Praha – Jablonec
Prostějov – Sigma Olomouc
Neratovice-Byškovice – Slovácko
Havířov – Zlín
Vsetín – Bohemians Praha
Vítkovice – Artis Brno
Příbram – Hradec Králové
Kladno – Baník Ostrava
Táborsko – Teplice
Třinec – Mladá Boleslav
Z hlavních favoritů MOL Cupu byl los nejpřívětivější ke Slavii. Lídr nejvyšší soutěže se vyhnul druholigovým soupeřům a ve Varnsdorfu se utká s týmem z třetí ligy. Naopak Sparta nastoupí v nevyzpytatelném pražském derby na Žižkově proti Viktorii, tamní stadion ještě v minulé sezoně využívala ke svým domácím zápasům letenská rezerva.
Na druholigový celek narazí v Jihlavě také Plzeň. Papírově nejtěžší soupeř připadl finalistovi minulého ročníku Jablonci: Severočeši budou hrát v Praze na Julisce proti Dukle, která na jaře sestoupila z nejvyšší soutěže.
